Партнерами Забайкальского государственного университета являются крупнейшие промышленные, финансовые, IT компании страны и региона, а также большинство государственных ведомств, работающих в крае.  Среди них: 
Промышленные гиганты Норникель, «Удоканская медь», ГРК «Быстринское»
Ресурсные компании ТГК-14, Читаэнергосбыт, МРСК Сибири
IT компании - Micromine Russia
Строительные компании РУС, ЭнгергоЖилстрой
Структуры Сбера, ВТБ, Открытия, Россельхозбанка
Телекоммуникационные компании МТС, Ростелеком
Ведомства МИД России, Федеральная таможенная служба, ФССП, Избирательная комиссия Забайкальского края, Центр управления регионом, ПФР и др.
Студенты ЗабГУ проходят преддипломную практику и стажировки в компаниях и ведомствах-партнерах, работают над совместными исследованиями. 

В рамках международного сотрудничества идет активный обмен студентами и преподавателями с зарубежными вузами: 
Харбинским политехническим университетом, Харбинским педагогическим университетом (г. Харбин), Цзилиньским педагогическим университетом (г. Сыпин), Цзилиньским университетом иностранных языков (г. Чанчунь), Цицикарским университетом (г. Цицикар), Монгольским государственным университетом (г. Улан-Батор), Национальным университетом Кенсан (г. Чинчжу, Республика Корея), а также с Хулуньбуирским институтом, Восточно-Ляонинским университетом, Маньчжурским институтом университета Внутренней Монголии, Полесским государственным университетом - Беларусь, Ереванским государственным университетом языков и социальных наук имени В.Я. Брюсова - Армения, Евразийской академией горных наук - Казахстан и многими другими. 
ЗабГУ реализует совместные сетевые образовательные программы с российскими вузами-партнерами: МФТИ, МГТУ им. Баумана, ВШЭ, МИСиС, ДВФУ, МГПУ и др.
Взаимодействие с организациями - лидерами в своих отраслях дает возможность студентам и аспирантам ЗабГУ учиться на лучших практиках, быть в курсе последних открытий и трендов.